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    Del 5 al 30 de noviembre de 2012.

    Materia corta del Programa de Profesores Visitantes.

    Profesor: Dr. Natalio Krasnogor (University of Nottingham, Reino Unido).

    Objetivos: La bioinformática se encuentra en la interface de las ciencias computacionales y biológicas. Su objetivo final es facilitar el descubrimiento de nuevos conocimientos biológicos que permitan crear una perspectiva global desde la cual se puedan discernir principios unificantes en biología. La bioinformática ha transformado profundamente nuestros conocimientos del mundo vivo, sin embargo, carece de las herramientas necesarias para entender el funcionamiento de sistemas integrados. Es aquí donde la biología de sistema contribuye a compaginar un mosaico mas global de cómo las diferentes entidades y procesos estudiados por la bioinformática generan sistemas biológicos complejos y de como funcionan estos sistemas. Más recientemente, la biología sintética ha empujado nuestra capacidad de modelar sistemas biológicos al limite, ya que trata de establecer metodologías para crear, esto es, para diseñar, implementar, testear y optimizar organismos vivos con capacidades útiles para el ser humano.

    Este curso le dará al estudiante los conocimientos básicos de biología y los problemas claves relacionados con el manejo de cadenas de DNA/RNA, la predicción y comparación de estructuras de proteínas, árboles filogenéticos, análisis de microarrays, etc. También le presentará al estudiante una introducción al modelado de sistemas biológicos complejos y a algunas técnicas utilizadas para diseñar y crear organismos vivos con características específicas. Se mencionarán también brevemente ciertos aspectos éticos y legales de la biología sintética.

    Puntaje: 2 puntos para la Licenciatura; 2 puntos para el Doctorado (en trámite).

    Carga horaria: Clases teórico/prácticas, 10 horas semanales, 4 semanas.

    Horario: Martes y miércoles de 13 a 17h (laboratorio 1); consultas de 10 a 11h.

    Metodología y evaluación: El curso especificará un trabajo práctico que tendrá una componente de investigación y revisión literaria y dos mini-proyectos.

    Prerrequisitos:  Los alumnos deberían tener experiencia programando en Java, C, Perl, Python o similar. Haber hecho algún curso previo de algoritmos y/o estructuras de datos para entender mas fácilmente los conceptos de programación dinámica, árboles y grafos. Idealmente, los alumnos habrán tomado algún curso de inteligencia computacional, minería de datos y/o optimización. Sin embargo, alumnos que no tengan estos prerrequisitos pero que tengan entusiasmo por aprender cómo se ve el mundo biológico desde la perspectiva computacional podrán también sacar provecho del curso.

    Inscripción: Por mail, escribiendo a dcosta (at) dc.uba.ar.

    Programa:

    1. Introducción a la Bioinformática
      • Los bloques constitutivos de la vida: DNA & RNA
      • Conceptos claves de proteínas
      • Alineamiento de secuencias de DNA y Proteicas
      • Predicción de estructuras de proteínas
      • Comparación de estructuras de proteínas
      • Arboles filogenéticos
    2. Introducción a las Biología Computacional de Sistemas
      • Análisis de Microarrays
      • Análisis de redes biológicas
        • Ejemplos en cáncer y plantas
      • Modelado Biológico
        • Biología "Ejecutable"
        • Ejemplos en plantas y bacterias
    3. Biología Sintética Computacional
      • Biología Sintética "Bottom up"
        • Relación con orígenes de la vida y vida sintética
      • Biología Sintética "Top down"
      • Programación combinatoria de librerías de DNA
      • Ejemplos de Biología Sintética
      • Consideraciones éticas

    Nota 1: Algunas de los temas mencionados arriba podrían requerir (dependiendo de la composición de la clase) cubrir también durante el curso, a través de una o mas clases, algún material en inteligencia computacional y/o minería de datos.

    Nota 2: Las clases serán dadas en Castellano pero las slides estarán en inglés.